روى الشيخ الصدوق في كمال الدين عن حمزة بن الفتح أنه قال: ولد البارحة في الدار مولود لأبي محمّد عليه السلام وأمر بكتمانه. قلت: _ فسأله الحسن بن المنذر _: وما اسمه؟
قال: سمي بمحمّد وكنيّ بجعفر.
قال المحدث النوري تعليقاً على ذلك: والظاهر أنه ليس المراد الكنية المعروفة بل المقصود هو عدم التصريح باسمه بل يعبر عنه بالكناية بجعفر خوفاً من عمه جعفر.
وفي غيبة النعماني خبران عن الإمام الباقر عليه السلام عُدّ فيهما أنه كني بعمه أو يكنى بعمه... واحتمل العلامة المجلسي: لعل كنية بعض أعمامه أبو القاسم أو هو عليه السلام مكنى بأبي جعفر أو أبي الحسين أو أبي محمّد أيضاً.