وهي نيابة خاصة عن الإمام عليه السلام يقوم من خلالها الوكيل الخاص بتنفيذ بعض الأمور التي يكلف بها من قبل الإمام عليه السلام أو من قبل السفير وهي مهمة يلجأ إليها السفير في خضم الظروف السياسية والأمنية غير الطبيعية التي تحدد تحركات السفير وتلجأه إلى التقية والتكتم.
في حين تكون الوكالة العامة أعم من ذلك حيث يقوم بمهامها الفقهاء الذين يقومون باستنباط الأحكام الشرعية إبّان الغيبة الكبرى، في حين تكون مهام الوكالة الخاصة مناطة في فترة الغيبة الصغرى.